Ash Lynx seorang pelarian yang diasuh dan dibesarkan oleh seorang boss mafia "Papa" Dino Golzine. Ash dijadikan pewaris boss dan juga boneka seks. Sekarang umurnya 17 tahun dan dirinya memutuskan untuk meninggalkan tempat yang baginya merupakan "neraka" itu.

Ash juga mendapat sebuah wasiat yang diberi oleh orang yang sekarat kepadanya dalam sebuah kertas. Kertas itu hanya berisikan sebuah alamat dan kata "Banana Fish". Akhirnya Ash memulai perjalanannya untuk mencari maksud dari kata dalam kertas itu. Dia juga bertemu dengan seorang bernama Eiji Oukumura  yang akhirnya akan menjadi sahabatnya.